ĐÁNH GIÁ PHƯƠNG PHÁP TETRA-PRIMER ARMS-PCR XÁC ĐỊNH KIỂU GEN SNP THỬ NGHIỆM TRÊN rs456168 C>A Ở BỆNH NHÂN ĐÁI THÁO ĐƯỜNG
DOI:
https://doi.org/10.59459/1859-1655/JMM.601Tóm tắt
Mục tiêu: Đánh giá phương pháp Tetra-primer ARMS-PCR trong xác định kiểu gen của đa hình đơn nucleotide (SNP) rs456168 C>A trên bệnh nhân đái tháo đường.
Đối tượng và phương pháp: Nghiên cứu thực nghiệm, sử dụng phương pháp PCR khuếch đại đoạn DNA chứa SNP rs456168 C>A trên 30 mẫu máu người từ 3 nhóm (người khỏe mạnh, bệnh nhân đái tháo đường có và không có rối loạn lipid máu), mỗi nhóm 10 người. Giải trình tự đoạn khuếch đại bằng phương pháp Sanger xác định kiểu gen của SNP, làm cơ sở đánh giá hiệu quả của phương pháp Tetra-primer ARMS-PCR trong xác định kiểu gen.
Kết quả: Sản phẩm DNA dài 183 bp xuất hiện ở cả 23 mẫu có chứa alen C (100%), xác định 10/10 mẫu mang kiểu gen C/C. Sản phẩm DNA dài 166 bp, đặc hiệu với alen A xuất hiện ở 16/20 mẫu (80,0%), trong đó, 6 mẫu đồng hợp và 10 mẫu dị hợp. Có 1 mẫu A/A không xuất hiện band và 3 mẫu A/C chỉ xuất hiện band 183 bp. Nhận biết thành công alen C trên tất cả các mẫu thử nghiệm trong điều kiện thí nghiệm phản ứng PCR. Đồng thời, chỉ có 80% số mẫu khảo sát xác định chính xác alen A.
Kết luận: Tetra-primer ARMS-PCR là phương pháp đơn giản, kinh tế và hiệu quả trong xác định kiểu gen SNP, song quá trình tối ưu phản ứng có thể tốn thời gian và gặp một số khó khăn.
Tài liệu tham khảo
1. A Vignal, D Milan, M SanCristobal, A Eggen (2002), “A review on SNP and other types of molecular markers and their use in animal genetics”, Genet. Sel. Evol., vol. 34, no. 3, pp. 275-305, May 2002, doi: 10.1051/gse:2002009.
2. T.T Nguyen, J.Z Huang, Q Wu, T.T Nguyen, M.J Li (2015), “Genome-wide association data classification and SNPs selection using two-stage quality-based Random Forests”, BMC Genomics, vol. 16, no. Suppl 2, p. S5, Jan. 2015, doi: 10.1186/1471-2164-16-S2-S5.
3. J Defo, D Awany, R Ramesar (2023), “From SNP to pathway-based GWAS meta-analysis: do current meta-analysis approaches resolve power and replication in genetic association studies?”, Brief Bioinform, vol. 24, no. 1, p. bbac600, Jan. 2023, doi: 10.1093/bib/bbac600.
4. J Chen, X Xu, P Dalhaimer, L Zhao (2022), “Tetra-Primer ARMS-PCR for Genotyping Mouse Leptin Gene Mutation”, Animals (Basel), vol. 12, no. 19, p. 2680, Oct. 2022, doi: 10.3390/ani12192680.
5. FSP27 and Links to Obesity and Diabetes Mellitus | Current Obesity Reports, Accessed: Mar. 15, 2025. Available: https://link.springer. com/article/10.1007/s13679-019-00343-3
6. R.F.V Medrano, C.A de Oliveira (2014), “Guidelines for the Tetra-Primer ARMS-PCR Technique Development”, Mol Biotechnol, vol. 56, no. 7, pp. 599-608, Jul. 2014, doi: 10.1007/s12033-014-9734-4.
7. S Ye, S Dhillon, X Ke, A.R Collins (2024), “An efficient procedure for genotyping single nucleotide polymorphisms”, Accessed: Dec. 13, 2024. https://dx.doi.org/10.1093/nar/29.17.e88.
8. J Chai et al (2010), “Evidence for a new allele at the SERCA1 locus affecting pork meat quality in part through the imbalance of Ca2+ homeostasis”, Mol Biol Rep, vol. 37, no.1, pp.613-619, Jan. 2010, doi: 10.1007/s11033-009-9872-0.
9. I Baris, O Etlik, V Koksal, S.T Arican-Baris (2010), “Rapid diagnosis of spinal muscular atrophy using tetra-primer ARMS PCR assay: Simultaneous detection of SMN1 and SMN2 deletion”, Molecular and Cellular Probes, vol. 24, no. 3, pp. 138-141, Jun. 2010, doi: 10.1016/j.mcp.2009.12.001.
Tải xuống
Đã Xuất bản
Cách trích dẫn
Số
Chuyên mục
Chấp nhận đăng 20-08-2025
Ngày xuất bản 21-08-2025
